1. 「帰還の時」 (“Apocalypse Rising”)
シスコ、オドー、オブライエン、ワーフはクリンゴン帝国に潜入し、フォンダーがクリンゴン政府を支配しているという証拠を見つけ出そうとする。彼らはクリンゴンの姿に変装して帝国の中心部に潜入し、フォンダーを特定しようとするが、計画は思いがけない方向に進む。最終的に、彼らはマートクがフォンダーではなく、ガウロンが支配されていることを突き止める。クリンゴン帝国の体制に変化がもたらされる。
2. 「コルドンの涙」 (“The Ship”)
ディファイアントのクルーはドミニオンの輸送船を発見し、その墜落現場で価値ある技術を入手しようと試みる。しかし、ジェムハダーの戦士たちが襲撃してきて、厳しい戦闘に巻き込まれる。クルーは船の内部に閉じ込められ、敵との心理戦を繰り広げる。最終的に技術の目的は重要ではなく、クルーが生き延びるために協力することが必要だと悟る。
3. 「クワークの災難」 (“Looking for par’Mach in All the Wrong Places”)
クワークはクリンゴンの女性グリルカに恋をするが、彼女との関係はクリンゴンの伝統的な価値観と対立する。ワーフはクワークを助けるため、彼を指導し、クリンゴンの戦士としての名誉を守らせようとする。一方、キーラはオブライエン夫妻の間に複雑な感情を抱くようになり、感情のもつれが生じる。クワークは最終的に自分の道を見つける。
4. 「恐るべき傍観者」 (“…Nor the Battle to the Strong”)
ジェイク・シスコは、戦場での医療活動を取材するためにベシアに同行する。しかし、実際の戦争の恐怖を目の当たりにしたジェイクは、自分の弱さと向き合うことになる。彼は戦場での自分の行動に悩み、勇気と臆病さの狭間で揺れ動く。最終的に、ジェイクは自分が恐れていたことを受け入れ、戦争の現実を理解する。
5. 「復讐のドミニオン」 (“The Assignment”)
キーコ・オブライエンが謎の力によって乗っ取られ、オブライエンに対して不可能な任務を強制する。彼は妻の命を守るために、DS9のシステムに危険な改造を施さなければならず、時間との戦いに直面する。クルーが真相を突き止める中、オブライエンは妻を救うために大きな犠牲を払うことを決意する。最終的に、キーコは無事解放され、危機は回避される。
6. 「苦悩する者たち」 (“Trials and Tribble-ations”)
ディファイアントはタイムスリップして過去のエンタープライズ号の時代に戻り、カーク船長と遭遇する。クルーは過去に起こった出来事に影響を与えないよう細心の注意を払いながら、ある謎のテロリストを阻止しなければならない。エピソードは過去の『スタートレック』シリーズへのオマージュとなっており、コメディ要素が強い。最終的にクルーは歴史を守り、元の時間に戻る。
7. 「マッティングリー事件」 (“Let He Who is Without Sin…”)
ワーフはジェッジアと共にリゾート惑星ライサを訪れるが、彼の厳格な性格がリゾートの自由な雰囲気と衝突する。ワーフは、自らのクリンゴンの価値観を守ろうとする一方で、ジェッジアとの関係を試される。彼はリゾートの改革を目指す運動に参加するが、最終的に自分の行動が周囲に与える影響を考慮し、バランスを取ることを学ぶ。
8. 「カーダシア人反乱」 (“Things Past”)
シスコ、オドー、ガラック、ダックスは謎の昏睡状態に陥り、過去のテロック・ノール（現在のDS9）でカーデシアによる残虐行為の犠牲者となったベイジョー人の体験を追体験する。オドーは、過去に自身が関与したカーデシアの弾圧を再び目の当たりにし、自らの責任と向き合うことになる。最終的に、彼は自らの過去の行動に対して深い罪悪感を抱く。
9. 「タラカ・ノール」 (“The Ascent”)
クワークとオドーは共に惑星に不時着し、協力して過酷な環境を生き延びることを余儀なくされる。彼らは長年の対立を乗り越え、互いに助け合う中で新たな絆を築く。一方、DS9では、ジェイクとノーグが同居生活を始めるが、二人の価値観の違いが衝突し、友情が試される。最終的に、クワークとオドーはお互いの違いを尊重するようになる。
10. 「終わりなき戦争」 (“Rapture”)
シスコは、ベイジョー人の預言者からのビジョンを受け、ベイジョーの運命に関わる重大な真実を知る。しかし、そのビジョンは彼の健康を危険にさらし、彼は預言者の導きに従うか、現実的な選択をするかで葛藤する。ベイジョーが連邦に加盟することが近づく中、シスコは「エミサリー」としての役割を再認識し、ベイジョーの未来を守るために重要な決断を下す。
11. 「ドミニオンの報復」 (“The Darkness and the Light”)
キーラのかつてのレジスタンス仲間が次々に暗殺され、彼女も狙われる。犯人は、自分の家族をレジスタンスによって失った復讐心に燃える人物であり、彼はキーラを最後の標的に定める。キーラは彼の罠にかかるが、最終的に彼を打ち負かし、命を守る。キーラは戦士としての過去と、自分が引き起こした死に対する責任に改めて向き合う。
12. 「囚われたディファイアント」 (“The Begotten”)
オドーはフォンダーの赤ん坊を発見し、彼に自らの変身能力を教える機会を得る。彼は、かつての恩師モーラ博士との関係を見直しながら、赤ん坊に対する父親のような役割を果たそうとする。しかし、赤ん坊は最終的に変身能力を取り戻す前に命を落とす。オドーは深い悲しみとともに、自分自身のアイデンティティを改めて探ることになる。
13. 「バシアの秘密」 (“For the Uniform”)
シスコは、かつての同僚エディソンがマキに加入し、連邦に反旗を翻したことを知り、彼を追跡する。エディソンは巧妙な戦術でシスコを翻弄し、連邦とカーデシアの間で危機を引き起こそうとする。シスコは、エディソンを止めるために手段を選ばず、ついに彼を追い詰めるが、その過程で自身のモラルと指揮官としての責任に疑問を抱く。
14. 「光の世界」 (“In Purgatory’s Shadow”)
ガラックはカーデシアの刑務所に収容されているという情報を得て、ドミニオンの領域に潜入する。彼とワーフは捕らえられ、ジェムハダーの基地で厳しい労働を強いられるが、カーデシアの裏切り者タインに再会する。タインは反乱を企て、ガラックと共に脱出を試みるが、その過程で多くの犠牲を払うことになる。
15. 「囚われたクリンゴン」 (“By Inferno’s Light”)
前回の続きで、ワーフとガラックは脱出を試みるが、ドミニオンが大規模な攻撃を準備していることを知る。ディファイアント艦とDS9はこの攻撃に対抗し、戦争の危機を防ぐために戦う。最終的に、クルーは囚われた仲間を救出し、ドミニオンの陰謀を阻止するが、ドミニオンとの対立はさらに激化することが予感される。
16. 「リトリビューション」 (“Doctor Bashir, I Presume?”)
ベシアの過去が暴かれ、彼が幼少期に遺伝子操作を受けていたことが明らかになる。連邦の規則に反する行為であり、彼の医師としてのキャリアが危機に瀕する。シスコやクルーは彼を支えようとするが、ベシアは自らのアイデンティティと倫理観に苦悩する。最終的に彼は職を失わずに済むが、周囲の人々との関係に変化が生じる。
17. 「新たな絆」 (“A Simple Investigation”)
オドーは、犯罪組織から逃げる女性アリオと親密な関係を築く。彼は彼女を守ろうとし、彼女に自分の気持ちを打ち明けるが、アリオには彼女自身の目的があり、最終的に二人は別れる運命にある。オドーは、自分が持つ孤独感と愛に対する欲求に向き合い、個人的な成長を遂げる。
18. 「縛られた運命」 (“Business as Usual”)
クワークは、かつての仲間と共に違法な武器取引に巻き込まれる。彼は利益を優先するか、自分の良心に従うかで苦悩するが、最終的には犯罪組織との取引を断る決断を下す。クワークはこの経験を通じて自らの価値観を再確認し、危機を乗り越える。
19. 「暗黒の艦隊」 (“Ties of Blood and Water”)
キーラはカーデシアの元反乱指導者ティケニー・ガモールと再会し、彼が病にかかっていることを知る。彼は死の間際にカーデシアの秘密をキーラに伝えることを申し出るが、彼女は彼との個人的な絆に悩む。最終的に、ガモールは亡くなるが、キーラは彼との関係を通じて自らの使命と責任を再確認する。
20. 「虚無のかなた」 (“Ferengi Love Songs”)
クワークは母親イシャがグランド・ネーガスとの関係にあることを知り、混乱する。彼はフェレンギ社会の掟と家族の絆の間で葛藤するが、最終的に母親とネーガスの関係を認めざるを得なくなる。フェレンギ社会の矛盾がテーマとなり、クワークは自分の立ち位置を再確認する。
21. 「憎しみを越えて」 (“Soldiers of the Empire”)
ワーフとマートクは、クリンゴンの船を指揮し、危険な任務に挑む。クルーの士気が低下する中、ワーフは自らの戦士としての誇りを取り戻し、クルーを鼓舞する。最終的に彼は指揮官としての地位を確立し、クリンゴンとしての名誉を守りつつ、勝利を収める。
22. 「新たなる命」 (“Children of Time”)
ディファイアント艦がワームホールの異常現象に巻き込まれ、200年後の未来に自分たちの子孫が生きる世界に遭遇する。クルーはこの未来を変えるかどうかで苦悩し、過去に戻るために自分たちの子孫を犠牲にするかどうかの選択を迫られる。最終的に、彼らは現代に戻るが、未来の可能性に対する重い感情が残る。
23. 「崩壊する平和」 (“Blaze of Glory”)
シスコは、マキの残党がドミニオンに対する大規模な攻撃を計画していることを知り、反乱を防ぐために動く。彼はかつての同僚エディソンと再び対決し、マキの信念と連邦の秩序の間で苦悩する。最終的に、シスコはエディソンを倒すが、マキの問題は依然として未解決のまま残る。
24. 「ドミニオン戦争の足音（前編）」 (“Empok Nor”)
オブライエンは廃墟と化したカーデシアの宇宙ステーション「エンプック・ノール」に赴き、危険な任務に挑む。彼とクルーは、カーデシアの残忍な兵士たちと対峙し、命をかけたサバイバルを繰り広げる。オブライエンは自らの戦闘能力と指揮官としての判断力を試されることになる。
25. 「ドミニオン戦争の足音（後編）」 (“In the Cards”)
ジェイクとノーグは、シスコを元気づけるために珍しい野球カードを手に入れようとするが、カードを得るために複雑な取引の連鎖に巻き込まれる。彼らの冒険はコメディタッチで描かれるが、最終的にはシスコに感謝される。エピソードの裏で、ドミニオン戦争の緊張が高まっていく。
26. 「駆け抜けた流星」 (“Call to Arms”)
ドミニオンがベイジョーを占領しようとする動きに対抗するため、シスコはDS9を封鎖し、連邦とドミニオンの間で戦争が勃発する。ディファイアントはドミニオンの艦隊に立ち向かい、激しい戦闘が繰り広げられる。DS9のクルーは戦場での役割を果たしながら、戦争の重さと現実に直面する。最終的に、シスコはDS9を一時的に放棄し、戦争の長期化を予感させるエピソード。
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