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シーズン3では、国家に対する新たな脅威が浮上し、トムのリーダーシップが再度試される。彼はテロリスト集団との戦いや国際的な問題に直面しつつ、家族との関係や再選に向けたプレッシャーにも対処しなければならない。モスとの関係もこのシーズンで深まり、互いの意見の違いが浮き彫りになっていく。最終的には、モスがトムの政敵となることで、彼の成長や人間性がさらに深く掘り下げられ、視聴者に深い感動を与える。
第1話 #thesystemisbroken
トム・カークマンは再選を目指すが、シーズン2のウイルスとは異なる新たなパンデミックが発生し、対応に追われる。FBI捜査官ハンナ・ウェルズは、このウイルスが人為的に操作され、人種ごとに異なる影響を与える特性を持っていることに気づく。トムは新たな陰謀の手掛かりを探りながら国民の不安解消に努める。
第2話 #slipperyslope
トムはワクチン開発を急ぐが、国民の不安は高まる一方。ハンナは、この新しいウイルスが特定の製薬業界と結びついている可能性を掴むが、詳細な証拠にはまだたどり着いていない。トムは感染対策に加え、選挙での信頼回復に向けて国民に呼びかける。
第3話 #privacyplease
ハンナは、ウイルス拡散の背後に製薬業界の勢力と政界の高官が関与していることを突き止める。シーズン2でのウイルスと違い、今回のウイルスはより人為的に操作されており、政治的意図を感じさせる。トムはウイルスが選挙に影響を与える可能性に警戒する。
第4話 #makehistory
トムは討論会で公平な医療制度の必要性を訴えるが、対立候補から攻撃を受ける。ハンナは、この新しいウイルスが特定の人種に異なる影響を及ぼすよう設計された証拠を発見。モスがこの操作に強く反対していた証拠も手に入れ、トムはそれを選挙戦で利用するか悩む。
第5話 #nothingpersonal
トムの選挙活動中に家族が脅迫され、彼は家族と政権の安全を守るため奮闘する。ハンナはウイルス拡散の黒幕が製薬業界のブレット・クーパーであることを突き止める。また、モスがこの操作に反対していた証拠も見つかるが、トムは選挙戦での自分の優位を保つため、証拠の公表を避ける。
第6話 #whocares
ハンナはクーパーが新ウイルスを利用し、利益を得ようとした計画を暴き、さらにモスが操作に反対していた証拠を入手。エミリーは、トムがこの証拠を選挙戦で利用するかどうかに疑念を抱く。トムは選挙戦での優位を保つため、証拠の公表を避けることを選び、エミリーとの関係に影響を与える。
第7話 #identity/crisis
トムはモスとクーパーの関係を暴こうとするが、モスが新しいウイルス操作に反対していた証拠を使わず、選挙のために優位に立とうとする。エミリーは、トムが証拠を公表しないことに不満を抱き、トムの道徳的判断に疑念を持つようになる。トムは一層選挙戦に集中せざるを得なくなる。
第8話 #scaredshless**
クーパーの影響が選挙戦にまで及んでいることが判明し、トムは公正な選挙を守るために奮闘する。ハンナは、クーパーとモスがウイルスを利用していた証拠を掴むが、エミリーの不信感が深まり、トムとの溝が一層広がる。トムは選挙での支持を得るために全力を尽くす。
第9話 #undecided
選挙直前、トムはモスとクーパーが新ウイルスを利用した陰謀について国民に真実を語るが、モスが反対していた証拠を公表せず、選挙に有利になるように扱う。エミリーはこの行為に対して完全に失望し、トムとの信頼関係が崩れてしまう。選挙戦は一層激化する。
第10話 #truthorconsequences
トムは再選を果たし、クーパーとモスの陰謀を国民に公表する。クーパーは逮捕され、モスも責任を問われるが、モスがウイルスの人種差別的操作に反対していた証拠は封印されたまま。エミリーはトムが政治的利益を優先したことに失望を隠せない。トムは国民に誠実なリーダーシップを誓い、新たな一歩を踏み出す。