1. 「死闘の序章（前編）」 (“A Time to Stand”)
連邦とドミニオンの間で本格的な戦争が勃発し、シスコたちはディファイアント艦を駆り出撃する。DS9はドミニオンによって占領され、カーデシアとドミニオンが支配する宇宙に対抗するため、連邦は必死の防衛を試みる。シスコたちはドミニオンの補給線を断つため、危険な任務に挑むが、戦局は厳しい状況にある。シスコは、戦争の現実と向き合いながらも、勝利への道を模索する。
2. 「死闘の序章（後編）」 (“Rocks and Shoals”)
シスコとクルーは、ドミニオンの敵地でジェムハダーの戦士たちと対峙する。クルーは、ジェムハダーの部隊が自滅するように仕向けるが、その過程で道徳的なジレンマに直面する。一方、DS9では、キーラとオドーが占領下のDS9で反乱を企てる。戦争の残酷さがクルーの絆を試し、彼らは生き延びるために困難な選択を迫られる。
3. 「裏切りの連鎖」 (“Sons and Daughters”)
ワーフは息子アレクサンダーと再会し、彼がクリンゴン帝国に従軍していることを知る。父と息子の間には深い溝があり、ワーフはアレクサンダーとの関係を修復しようと奮闘する。一方、キーラはドミニオン占領下のDS9でデュカットの娘ザイヤルとの友情を深めるが、その一方でカーデシア人との緊張が高まる。
4. 「善意の決断」 (“Behind the Lines”)
DS9では、キーラとオドーがドミニオンに対抗するためのレジスタンス活動を強化するが、オドーはフォンダーとの関係に引き込まれ、彼の忠誠心が揺らぐ。一方、シスコは戦場から一時的に離れ、連邦の作戦本部で重要な役割を果たすが、指揮官としての責任に苦悩する。戦争は続き、クルーたちはそれぞれの立場で複雑な選択を迫られる。
5. 「決死の反乱」 (“Favor the Bold”)
シスコは、DS9を取り戻すために大規模な作戦を計画し、連邦艦隊を指揮してドミニオンの支配を打破しようとする。一方、DS9ではキーラとオドーのレジスタンスが追い詰められ、カーデシアの支配下で反乱が勃発する。戦争の緊張が高まり、シスコはクルーと共に決死の反撃を試みる。最終的に、シスコたちはDS9を奪還するための決戦に臨む。
6. 「愛と戦火の果てに」 (“Sacrifice of Angels”)
シスコと連邦艦隊はドミニオンとの壮絶な宇宙戦を繰り広げ、DS9を奪還するために全力を尽くす。一方、オドーはフォンダーとの関係で混乱し、キーラとの絆が揺らぐ。ザイヤルは父デュカットとの関係に悩みながらも、最終的に彼を裏切る決断をする。シスコたちは勝利を収め、DS9を再び支配下に置くが、ザイヤルは悲劇的な結末を迎える。
7. 「待ち続けた命令」 (“You Are Cordially Invited…”)
ワーフとジェッジアは結婚の準備を進めるが、クリンゴンの伝統に基づく厳しい儀式が二人を試す。ジェッジアはワーフの家族との関係に苦労しながらも、最終的に彼らの認めを得て結婚式を挙げる。一方、クルーは戦争の合間に一時的な休息を楽しみ、友情を深める。このエピソードは、戦争の中でも家族や友情の絆が重要であることを描く。
8. 「霊界からの告発」 (“Resurrection”)
別の宇宙からキーラの亡くなった恋人バレルが現れる。彼はミラー宇宙から来た存在であり、彼との再会にキーラは混乱するが、彼女の感情は揺れ動く。バレルは自分の目的を隠しており、キーラは彼を信じるべきかどうか葛藤する。最終的に、彼の真意が明らかになり、キーラは再び別れを経験することになる。
9. 「ドミニオンの脅威」 (“Statistical Probabilities”)
ベシアは、超人的な知能を持つ遺伝子操作された人々の治療に取り組むが、彼らの計算によってドミニオンとの戦争で連邦が敗北する可能性が高いことが判明する。彼らは連邦に降伏を提案するが、ベシアはその提案に反対し、連邦を守るために行動を起こす。最終的に、ベシアは仲間たちの暴走を防ぎ、連邦の信念を守り抜く。
10. 「マクドーガルの暗殺」 (“The Magnificent Ferengi”)
クワークの母がドミニオンによって捕らえられ、彼はフェレンギ人の仲間たちと共に救出作戦を実行する。クワークたちは不慣れな戦闘任務に挑むが、数々の失敗を重ねながらも最終的には母を救い出すことに成功する。エピソードはコメディ色が強く、フェレンギ社会とその価値観がテーマとなる。クワークは仲間との絆を深め、家族愛を再確認する。
11. 「復讐の女神」 (“Waltz”)
シスコとガル・デュカットは宇宙船の事故で無人惑星に取り残される。デュカットは精神的に不安定になり、過去の罪やベイジョー人に対する行為についてシスコに告白する。シスコはデュカットの内面の狂気と憎しみを目の当たりにし、彼が連邦やベイジョーに対していまだに復讐心を抱いていることを確認する。最終的にシスコは脱出するが、デュカットが最大の敵であることを再確認する。
12. 「名誉をかけて」 (“Who Mourns for Morn?”)
クワークの常連客であり友人のモーンが死亡し、彼の遺産がクワークに遺されたことが判明する。モーンの死をきっかけに、彼が実は巨大な財宝を隠していたことが明らかになり、クワークはその財宝を探すために奔走する。最終的に、モーンが実は生きており、財宝を守るために死を偽装していたことが判明し、クワークは一杯食わされる形で終わる。
13. 「明かされた真実」 (“Far Beyond the Stars”)
シスコは夢の中で1950年代のニューヨークの作家ベニー・ラッセルとしての人生を体験する。彼は未来の宇宙ステーションやシスコ自身を描いた物語を書き上げるが、当時の社会では人種差別が根強く、彼の作品は出版されない。シスコは現実世界に戻り、この体験を通じて自らの使命を再確認し、戦争における自らの役割に新たな決意を抱く。
14. 「一触即発」 (“One Little Ship”)
ディファイアントのクルーがミニチュアサイズに縮小され、ジェムハダー艦内で困難なミッションを遂行する。彼らは戦艦の巨大な環境の中で困難に直面しながらも、巧みな戦術を駆使してジェムハダーの艦隊に対抗し、元のサイズに戻ることに成功する。このエピソードはSF的な要素とユーモアが強調された展開となる。
15. 「決別の時」 (“Honor Among Thieves”)
オブライエンは、犯罪組織オリオン・シンジケートに潜入して捜査を進める。彼は犯罪者たちとの関係を築きながら、内部情報を得るために苦しい選択を迫られるが、最終的に犯罪組織内の信頼を得ることに成功する。しかし、犯罪者のリーダーとの友情が生まれた結果、オブライエンは感情的に複雑な葛藤を抱くことになる。
16. 「心の葛藤」 (“Change of Heart”)
ワーフとジェッジアは、重要なスパイ情報を持つ人物を救出するために任務に向かう。しかし、任務中にジェッジアが負傷し、ワーフは彼女を救うか、ミッションを優先するかで苦悩する。最終的に、ワーフはジェッジアを救うことを選び、ミッションは失敗するが、彼らの愛情がさらに深まるエピソードとなる。
17. 「ドミニオンの罠」 (“Wrongs Darker Than Death or Night”)
キーラは、母親がカーデシアの支配者ガル・デュカットと関係を持っていたことを知り、衝撃を受ける。彼女は過去にタイムスリップし、母親の行動を確認するが、彼女の行動には深い事情があったことが明らかになる。キーラは家族の絆と過去の複雑さを受け入れ、自らのアイデンティティに向き合う。
18. 「侵略の序曲」 (“Inquisition”)
ベシアは、スター・フリート内に存在する秘密組織「セクション31」にスカウトされる。彼はこの組織が連邦のために陰謀や暗殺を実行していることを知り、その倫理性に疑問を抱く。ベシアはセクション31からの勧誘を拒否し、彼らの活動に対抗する決意を固めるが、組織の影響力の強さに不安を感じる。
19. 「危険な密航」 (“In the Pale Moonlight”)
シスコは、ロミュランを連邦側に引き込むために道徳的に曖昧な選択を迫られる。彼はガラックと共に陰謀を企て、ロミュランの大使を騙して戦争への参戦を促す。シスコは自らの行動に対する罪悪感と向き合いながらも、ドミニオン戦争を終わらせるためには必要な犠牲であると信じる。最終的にロミュランは連邦側に加わるが、シスコは道徳的な代償に苦しむ。
20. 「クリンゴンの崩壊」 (“His Way”)
オドーは、ホログラムのシンガーであるヴィックの助けを借りて、キーラへの愛情を告白しようとする。オドーは恋愛に不器用であり、ヴィックのアドバイスに従いながらキーラとの関係を築こうとする。最終的に、オドーはキーラに自分の気持ちを打ち明け、二人の関係が新たな段階に進展する。
21. 「流刑の果て」 (“The Reckoning”)
ベイジョーの神殿から謎の遺物が発見され、預言者と邪神パーウレイスの間で最終決戦が勃発する。シスコは「エミサリー」としての役割を果たし、ベイジョーの運命に関わる決断を迫られる。キーラが預言者に憑依され、邪神との戦いが繰り広げられるが、戦いは途中で中断される。エピソードは、ベイジョーの宗教的な要素とシスコの使命を描く。
22. 「降伏」 (“Valiant”)
ジェイクとノーグは、連邦の「バリアント」という名前の艦に乗り込み、若きクルーたちが危険な戦闘任務に従事していることを知る。彼らは、艦の指揮官が自信過剰であり、無謀な作戦に挑もうとしていることに気づく。最終的に、バリアントは任務に失敗し、多くの若いクルーが命を落とすが、ジェイクとノーグは生還する。
23. 「無限の悲しみ」 (“Profit and Lace”)
クワークはフェレンギ社会の女性解放運動に巻き込まれ、彼自身が女性に変装して組合の支援を行うことになる。彼は性別の問題に直面し、フェレンギ社会の不平等に疑問を抱く。最終的に、クワークは女性としての役割を果たしながらも、フェレンギの伝統的な価値観に挑戦する姿勢を見せる。
24. 「仲間の死」 (“Time’s Orphan”)
オブライエンの娘モリーが時間の裂け目に落ち、10年後の未来に送り込まれる。彼女は野生化し、家族との再会に苦しむ。オブライエン一家は、モリーを救うために奔走し、過去に戻す方法を模索するが、家族の絆が試される。最終的に、モリーは過去の時間に戻され、家族は再び一緒になる。
25. 「終わりなき戦い（前編）」 (“The Sound of Her Voice”)
ディファイアントは、遠くの惑星からのSOS信号を受信し、連邦の女性士官リサ・キューザックと通信を始める。彼女は重傷を負っており、クルーは彼女を救出しようとするが、彼女との通信を通じてそれぞれの悩みを共有する。最終的に彼女の居場所にたどり着くが、リサはすでに死亡しており、クルーは彼女の存在に影響を受ける。
26. 「終わりなき戦い（後編）」 (“Tears of the Prophets”)
シスコはドミニオンとの最終決戦を前に、預言者たちから戦うことを止めるよう警告される。しかし、彼は警告を無視して戦争に突入し、ドミニオンとの大規模な戦闘が繰り広げられる。ジェッジアは戦いの中で命を落とし、シスコは大きな喪失感に打ちひしがれる。エピソードはシーズンのクライマックスとして、さらなる戦争の深刻化を予感させる。
各シーズンの放送期間とエピソード数は下記に示した通りです。各シーズンをクリックすると、そのシーズン全話のアラスジが読めます。